يهدف مسلسل «الأزهر» إلى تسليط الضوء على تاريخ الأزهر جامع وجامعة، من خلال عرض التاريخ العلمي والوطني للأزهر الشريف منذ تأسيسه وحتى الآن، حيث يتعرض في كل جزء لحقبة تاريخية معينة، ودور الأزهر خلالها، بدءًا من الدولة الفاطمية مرورًا بدولتي المماليك ثم الدولة العثمانية ثم أسرة محمد على ثم الفترة المعاصرة، بالإضافة إلى إبراز دور الأزهر في محاربة الجهل وانتشار الخرافات والأحاديث الموضوعة والعنصرية والتنمر والعنف